A jovem órfã Sheeta e seu sequestrador, coronel Muska, estão voando para uma prisão militar quando sua aeronave é atacada por uma gangue de piratas aéreos liderados por Dola. Escapando da colisão no ar através de um cristal mágico em seu pescoço, Sheeta conhece o também órfao Pazu. Juntos, tentam descobrir a cidade mística flutuante de Laputa, enquanto são perseguidos por Muska e os piratas, que cobiçam o tesouro da cidade.